Zdesperowany, aby zostać wielkim, SpongeBob wyrusza, aby udowodnić swoją odwagę Panu Krabsowi, podążając za Latającym Holendrem – tajemniczym piratem-duchem – podczas przygody, która zabierze go w najgłębsze głębiny morskie, gdzie żadna gąbka nie dotarła wcześniej.